ב-1492 הוא מימש את תכניתו ונבחר לאפיפיור "אלכסנדר השישי". אבל לאפיפיור החדש הייתה תכנית גדולה יותר – להתעשר מתפקיד האפיפיור – ולא היה דבר שיכול היה לעצור אותו. בתור "מוחל החטאים" הגדול ביותר של הנצרות באותם ימים, הוא מכר "שטרות מחילה" שהעידו כי מי שקנה אותם – חטאיו נמחלו. רבים מהצלבנים, שרצו לרצוח את יריביהם, עלו לרגל לרומא כדי לרכוש את השטרות מהאפיפיור ולזכות ב"מחילה" על חטאיהם. האפיפיור יצר עסק משגשג – מאות אלפי אנשים רכשו ממנו את השטרות. בה בעת, הוא נפטר ממתנגדיו הפוליטיים על ידי הזמנתם לסעודות מפוארות שכללו מנות מורעלות. בסיום הארוחה הוא היה מודיע להם שהם הולכים למות, ואז משנה את צוואתם כך שהוא יהיה יורשם היחיד. את אחד ממתנגדיו, נזיר שהעז להתמרד נגד השחיתות המוסרית של הכנסייה, הוא שרף בכיכר העיר.